日本的高等教育包括专科、本科和研究生教育。专科2-3年；本科一般4年，医科（含牙医、兽医）6年（毕业后可报考博士课程研究生，学制4年）；硕士2年；博士3年。研究生教育阶段，有些学校硕士课程和博士课程分别设立；有些学校是合在一起设立，分博士课程前期2奶奶，博士课程后期3年，前期课程2年也视为硕士课程。
日本大学专科毕业颁发毕业证书，不授予学位；大学本科毕业授予学士学位；硕士课程或博士前期课程研究生成绩合格、论文审核通过，颁发硕士学位；博士学位研究生根据其不同情况，或颁发博士学位证书，或颁发课程博士学位证书，或颁发论文博士学位证书。
日本实施大学专科教育的机构为短期大学和高等专门学校；实施大学本科教育的机构是大学的"学部",实施研究生教育的机构是大学里的“大学院”，日本的高等教育机构根据设立形式和经费来源渠道，分为国立、公立、私立三种。
日本大学的“学部”和“大学院”除攻读学位的正规学生外，还有“旁听生”和“履修生”，前者所修课程的学分不被认定，后者所修课程的学分被认定，但都不授予毕业证书和学位证书。
日本大学的“大学院”还有一种特殊的“研究生”，也是非正规学生，一般称这类学生为“进修生”，既不能取得学分，也不能获得学位证书。有的是为了提高自身水平，有的是为报考正规研究生做准备。
日本的高等教育机构大多用日语授课，少数课程用英语授课。进入日本的高等教育机构学习，有的学校要求日语能力水平考试成绩要达到一级，有的学校要求达到二级。
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